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  1. #### table1 —-
  2. setwd(tabPath)
  3. # https://cran.r-project.org/web/packages/table1/vignettes/table1-examples.html
  4. # 变量名设置
  5. labels = list(
  6.     # variables = list(age_at_initial_pathologic_diagnosis = “Age (year)”,
  7.     #           gender = “Gender”,
  8.     #           relative_family_cancer_history = “Family history of cancer”,
  9.     #           pathologic_stage = “TNM stage”,…),
  10.     variables = labs_list, # 等同于上示设置
  11.     groups = list(“”, paste0(symbol, ” Expression”), “”)) # 表头大组
  12. # 设置函数用于添加p值列
  13. rndr = function(x, name, …) {
  14.     # 将data_for_table1替换为真实的数据
  15.     if (length(x) == 0) {
  16.         y <- data_for_table1[[name]]
  17.         s <- rep(“”, length(render.default(x=y, name=name, …)))
  18.         if (is.numeric(y)) {
  19.             p <- t.test(y ~ data_for_table1[,symbol])$p.value  # symbol为用于分组的基因名
  20.         } else {
  21.             p <- chisq.test(table(y, droplevels(data_for_table1[,symbol])))$p.value
  22.         }
  23.         s[2] <- sub(“<“, “<”, format.pval(p, digits=3, eps=0.001))
  24.         s
  25.     } else {
  26.         render.default(x=x, name=name, …)
  27.     }
  28. }
  29. rndr.strat <- function(label, n, …) {
  30.     ifelse(n==0, label, render.strat.default(label, n, …))
  31. }
  32. # 设置分组
  33. levels(data_for_table1[,symbol]) = c(“High”,”Low”,”P-value”)
  34. strata = c(list(Total = data_for_table1), split(data_for_table1, data_for_table1[,symbol]))
  35. # 显示表格(可直接拷贝到word里修改, 或在Viewer窗口Export -> Save as Web Page…)
  36. tab1 = table1(strata, labels, groupspan = c(1, 2, 1), droplevels = F, render = rndr, render.strat = rndr.strat)

复制代码

需要从从 https://cran.r-project.org/web/packages/table1/vignettes/table1-examples.html 中拷贝与原脚本相同的 rndrrndr.strat 函数替换掉上面脚本中的函数,并修改函数体内相应的变量名称。

loc大佬多,特来求助,本人对代码一窍不通,10元小红包不成敬意

各路大神回复说:

注册说: 我也对代码一窍不通

zmia说: Rust

heihai说: 别说钱的事儿,会的看到了肯定会琢磨, loc的技术大佬从来不含糊。你加上十块钱这题就无解了

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